Le tracé des pipelines, à partir de la région de Fos-sur-Mer (alt. 4 m.) traverse tout d’abord la plaine de la Crau et les Alpilles par le Col du Mas de Montfort. Puis il emprunte la vallée du Rhône à une distance du fleuve comprise entre 10 et 35 km sur la rive gauche. Il franchit le Rhône à une trentaine de kilomètres en amont de Lyon, à hauteur de Villette-d’Anthon.

 Au delà du fleuve, il se situe en bordure orientale de la Dombes et dans la plaine de la Bresse, puis, à travers un sol rocheux, il gagne et longe les contreforts du Jura en contournant Besançon par l'est. Il traverse le Doubs entre Vaire-le-Grand et Deluz à une douzaine de kilomètres en amont de Besançon et s’engage dans la trouée de Belfort avant de pénétrer en Alsace. Après avoir contourné Strasbourg par l’ouest, et traversé la Lauter entre Lauterbourg et Scheibenhard, il franchit le Rhin à hauteur de Karlsruhe-Knielingen (alt. 105 m.).

 Il convient de noter que le tracé ne dépasse nulle part l’altitude de 505 m, le point culminant du parcours étant situé sur l’éperon rocheux d’Aleyrac dans la Drôme. Cette particularité contribue à réduire les dépenses d’investissements et d’énergie.